話が進んでキャラの設定とか追加されたけど、ネタバレを防止するために、登場人物のカテゴリを分けておきます。
二十二話以降の設定です。二十二話を読んでから見ることをお勧めします。
アキト･･･16歳。元ロケット団員の少年。黒い髪、赤い瞳。痩せ型。背は平均的。
ロケット団のバイオ技術を嫌い脱走、命を狙われる。ブレイズにレアコイルを奪ったと思われ（実際にもそう見える）目を付けられている。
エレンに特別な感情を持っている模様。
リュウトという父がいたが、本人も覚えていないうちに殺されている。
R-ARMSはトンファーやランスに変形する。またポケモンの力をR-ARMSに宿らせて、炎や雷を発生させるという珍しい能力もある。
使用ポケモンはバシャーモ、ヘルガー、キルリア（ルリア）、ジバコイル、ボーマンダ
エレン･･･16歳。記憶を失った少女。ライトブラウンの背中まである長い髪。同じくライトブラウンの瞳。スレンダーな体、アキトとほぼ同じ身長である。
記憶を失う前はポケモン賢者のリーダーだったらしい。ジラーチから譲り受ける「繭の剣」を持つ。
繭の剣にはバイオポケモンを元のポケモンの戻す力があるようで（不安定だが）、エテボースはそれによってバイオ化から解放されている。
使用ポケモンはピクシー、スターミー、チルタリス、ムウマージ、エテボース
ステルス･･･20歳。ロケット団ハザマ支部の要「テトラロケット」の一人。若年ながら、四人中一番早く就任し、ナンバー1となっている。
フェルと共に「べにいろのたま」とメタグロスを奪った。
自身のかつての部下、アキトの父でもあるリュウトを殺めた張本人でもある。
ホワイトシルバーの髪に黒い目とアキトの対称をいく容姿。
バイオハッサムを連れている。
和傘型の万能兵器「ブレラ」が彼のR-ARMSだ。
ガイ･･･32歳。腕力だけならテトラロケット随一。いないと困るテトラロケットの用心棒。全てに対しおおらか。
これでもステルスに次ぐテトラロケット歴の持ち主。
直属の部下にキセとクロウ、ジークがいる。チームワークは意外と取れている模様。
ドダイトス、エアームド使い。R-ARMSは戦闘斧。
オキソム･･･年齢不詳（20代後半という噂だが・・・）。ロケット団ハザマ支部の要「テトラロケット」の一人。就任は4人中3番目。
サカキですら気味悪がる残虐な男。
ヨマワル仮面で隠している素顔はいわゆるイケメン。
R-ARMSは大鎌やポケモンを操る光の独楽になる。
使用ポケモンはブーピッグ、クロバット。
フォーシティで理性を崩壊させ、戦死する。
フェル･･･18歳。テトラロケットの紅一点。ガイと同じくパワー主体の戦闘を好むが、こちらは動きのキレで勝負する方。
数年前テトラロケットに就任した。幹部としての経験は少ないが、他の三人に負けずとも劣らない戦闘力を持つ。
袴姿で橙の長髪を後ろでまとめている。元は巫女という噂も・・・。
バイオキュウコン、オオスバメを連れている。
ブレイズ･･･21歳。ポケモンを使い犯罪を取り締まる「ポケモン賢者」のリーダー的存在。豪腕の賢者。
実力はあるが、短気で協調性に欠けるところがある。特にタツヤとはよく衝突する。その性格が災いとなり、遂に人殺しに走ってしまった。
燃えるような赤い髪がトレードマーク。使用武器は爪
バクーダ・ノクタス・奪ったレントラーが主力。
単身セントシティへ特攻を仕掛けるが、嵐に遭い消息不明。
レイカ･･･25歳。ポケモン賢者の一人。英知の賢者。クール且つグラマラスな水色の長い髪を持った女性。感情表現に乏しいところがあるが、決して冷たい人ではない。キレたブレイズをなだめることのできる数少ない人。使用武器はレイピア。
ゲンガー・トドゼルガが主力。
インセク･･･10歳。最年少の賢者。堅牢の賢者。子供っぽいあどけなさを振りまくが、やるときはやる。祖父のロクソクが先代だ。虫取り網が武器とのこと。
麦藁帽に虫取り網と、虫取り少年ルック。
ツボツボ・ダーテングが主力
タツヤ･･･20歳。疾風の賢者。眼鏡をかけた線の細い青年。物腰柔らかで、争いを極力避ける。しかしブレイズとはどうしても衝突してしまう。線は細いが芯は強い。使用武器はナイフ。
黒髪にスーツと地味な印象。
カイリュー・チャーレムを持っている。
ミュウツー･･･17歳（ミュウツーとしての素体が出来上がったところを誕生と定義した場合。）。バイオ01、つまりロケット団で最初に作られたバイオポケモン。ロケット団の完全殲滅を掲げる。同じ目標を持つアキトをサポートする。
カグラ･･･28歳。元ロケット団の女性。リュウトの後輩だった。「黒の森」と「フリダシティ」の間に小屋を持っている。スッパリとした性格。金髪を短く切っていて、ボーイッシュという言葉が合う風貌。
他にフライゴン、サンダース、ヘラクロスを持っている。
ルリア･･･年齢不詳（アキトより年上）。メスのキルリア。体内にR-ARMSを組み込まれたバイオポケモン。バイオ37。
サイコパワーの具現化により武器を生み出し戦う。バイオ化の副産物で人間語を話せるようになった。意思があり、カグラと共にロケット団を脱走した。アキトの肩がお気に入りの場所。
ジラーチ･･･年齢不詳（恐らくは千年以上生きている）。1000年に一度、7日だけ活動するという言い伝えのある伝説のポケモン。
このジラーチは常に体の一部を紫の結晶状の「眠り繭（ジラーチが千年の眠りにつくと、これで体を覆う）」で覆っているため、7日というタイムリミットはない。
防御壁である眠り繭を剣の形状にして、攻撃することも可能。
折れてしまった繭の剣をエレンに託した（左手から眠り繭が出せなくなってしまった）。
ドラグニア＝ロールテイル･･･年齢不詳（言動からしてかなりの高齢）。キングドラのバイオポケモン。バイオ03。オキソムが操る。自律機動バイオポケモンで唯一手なずけることに成功している。バクオングの巨大な口から繰り出されるあくびが強烈。普段は竜巻に巻かれながら移動する。
その能力で、ホウエン地方のドラゴンサンクチュアリを征圧し、フォーシティを挟み撃ちにする作戦を遂行していた。
実は手なずけたのではなく、バイオブーピッグによって、「オキソムには絶対服従」と洗脳されていただけである。アキトによって倒され、改心したが、再び洗脳されてしまった。
リューン･･･ドラグニアの孫娘。タッツーではなくてハクリュー。おじいちゃんっ子だったが、人格が急に変わったドラグニアに怯える毎日を過ごしていた。再び洗脳されるドラグニアを前に、涙を飲みながらの逃亡。現在行方不明。
ナップ･･･８歳の少年。捨てられたのか、生まれたときから両親がいない。路頭に迷っているところをポケモンたちに助けられ、ヘヴンズブリーズに住む。ここに迷い込んできたネンドロに人間的な教育を受けたのか、野性化していない。命の恩人であるヘヴンズブリーズのポケモンたちの為に、ここを守り抜くと決意する。
ネンドロ･･･言葉を話すネンドール。ヘヴンズブリーズ周辺に迷い込んできたのをナップに見つかり保護される。
実はロケット団から逃げてきたバイオポケモンである。ナンバリング不明。
ナップ同様、明るい性格、。自分の生い立ちを気にしたりはしない。
D（デュアル）メタグロス･･･メタロックマウンテンで紅色の玉を護っていた２匹のメタグロスがバイオ化された姿。バイオ88。スーパーコンピューター並みの脳を８つも持っていて、相手の動きを容易に予測する。また妨害電波により、軍事機器を暴走させたり、自身にも武装が施されていたりとまさに無敵のバイオポケモン。ステルスが操る。
アキトの秘策によって倒される。
ジーク･･･１４歳。己の実力を試すためにロケット団に志願してきた少年。ガイ直属の部下。クロウとキセの後輩に当たる。
しかしトレーナーとしてよりもR-ARMS使いとしての才能が開花してしまう。
全身黒いアーマーのようなR-ARMSで、腕を広げると翼に見えることからあだ名は「ブラックウィング」。実際に飛行も可能で、そのときはゴーグル着用。
ドンカラス、ハリーセン、メガヤンマを使うが、彼らは汎用型バイオポケモン部隊の隊長も兼ねているため、いないときも多い。
